色諾克拉底 在柏拉圖去世後成為學園的第三任院長，他將柏拉圖的哲學劃分為物理學、倫理學和邏輯學三個部分，對後來的哲學發展影響深遠。雖然他的著作沒有流傳下來，但亞里斯多德的著作中保留了關於其形上學、知識論和倫理學思想的零星記錄。
根據第歐根尼·拉爾修 (Diogenes Laertius) 的記載，在西元前 339/338 年 (「第 110 屆奧林匹亞賽的第二年」)，斯佩烏西波斯 (Speusippus) 去世後，來自博斯普魯斯海峽對面拜占庭亞洲一側城市加爾西頓的色諾克拉底成為了學園 (the Academy) 的院長。
第歐根尼·拉爾修補充說，色諾克拉底擔任這個職位長達 25 年，享年 82 歲。因此，他的生卒年份通常被定為西元前396/395年至314/313年。
在柏拉圖辭世、斯佩烏西波斯接任學園院長之際，色諾克拉底與亞里斯多德可能應阿塔爾紐斯的赫爾米亞斯 (Hermeias) 之邀一同離開了雅典，之後色諾克拉底返回並繼承了斯佩烏西波斯的職位。根據第歐根尼·拉爾修的說法，這是應斯佩烏西波斯本人的要求；然而，根據《赫庫蘭尼姆學園派成員索引》(Academicorum Index Herculanensis)，學園的年輕成員們首次進行了投票，以微弱優勢確認了色諾克拉底（而非來自本都 (Pontus) 的赫拉克利德 (Heraclides) 和來自皮拉 (Pyrrha) 的 美尼德摩斯 (Menedemus)）為學園首位民選的院長。這兩種說法雖然並不矛盾，但提供了兩種不同的繼承版本，似乎無法確知實際發生的情況。
第歐根尼·拉爾修的著作目錄列出了七十多部歸屬於色諾克拉底的著作，但沒有一部存留至今，甚至沒有以明確可辨識的引文形式被其他作者引用。與斯佩烏西波斯的情況一樣，色諾克拉底學說的重建在很大程度上依賴於亞里斯多德，但令人沮喪的是，亞里斯多德常常沒有明確提及色諾克拉底的名字。儘管亞里斯多德在討論色諾克拉底的哲學觀點時從未直接點名，但透過某些重複出現的措辭，可以推斷出可能與其學說相關的內容；例如，當亞里斯多德談及「那些設定理型 (the Forms) 的人」（這通常包括柏拉圖和色諾克拉底），「那些為數學對象和理型設定單一本質的人」，或者「那些將靈魂定義為『自動數字』(self-moving number) 的人」時。
恩皮里庫斯 (Sextus Empiricus) 告訴我們，色諾克拉底將柏拉圖思想中隱含的哲學三分法明確化，分為「物理學」、「倫理學」和「邏輯學」。這個架構後來在斯多葛學派 (Stoicism) 和更廣泛的希臘化哲學中成為典範。按照這個術語的標準用法，我們今天所說的形上學和知識論分別歸屬於「物理學」和「邏輯學」。塞克斯都關於色諾克拉底傳承、但最終源於柏拉圖的標準哲學劃分的報導，非常典型地反映了我們所聽聞的關於他的許多情況：色諾克拉底似乎至少與推廣自己的思想一樣，同樣熱衷於延續柏拉圖的思想。
色諾克拉底觀點的現存內容在此分為四個部分：形上學、色諾克拉底與《蒂邁歐篇》(Xenocrates and the Timaeus)、知識論和倫理學。
